Outre sa fonction de conseiller budgétaire, la Cour des comptes exerce un contrôle financier, un contrôle de légalité et de régularité et un contrôle du bon emploi des deniers publics. Ses vérifications concernent les recettes et les dépenses de l’État fédéral, des communautés, des régions, des organismes publics qui en dépendent, ainsi que des provinces. Les résultats de ces contrôles donnent lieu à une information adressée régulièrement aux parlements et aux conseils provinciaux.
La Cour des comptes est également investie d'une mission juridictionnelle à l’égard des comptables publics dont les comptes présentent un déficit.
Enfin, elle accomplit des missions spécifiques en matière de bonne gouvernance (listes des mandats et déclarations de patrimoine des mandataires publics et hauts fonctionnaires, avis sur les rapports financiers des partis politiques, avis relatifs aux dépenses électorales), en matière de répartition des moyens financiers entre les communautés et régions (comptage des élèves, loyauté fiscale en matière d’impôt des personnes physiques) et en matière d’expertise (impact budgétaire de propositions de loi, comptes d’institutions bénéficiant d’une dotation).
Analyse budgétaire
Dans sa fonction de conseiller budgétaire, la Cour des comptes examine les projets de budget et d’ajustement déposés par les gouvernements auprès des parlements. Préalablement au vote de ces projets, la Cour des comptes transmet ses commentaires et observations au parlement concerné.
La Cour des comptes réalise ses analyses budgétaires conformément à ses principes fondamentaux d’analyse des projets de budget.
Contrôle financier
L'État fédéral, les communautés et les régions, ainsi que les organismes publics qui en dépendent, de même que les provinces, rendent annuellement des comptes sur l'emploi des fonds publics qui leur ont été confiés.
Les comptes sont transmis à la Cour des comptes qui en réalise le contrôle ou procède à leur certification, en fonction des dispositions applicables à l’entité concernée. Lors de son contrôle financier, la Cour des comptes vérifie la fiabilité, l’exactitude et l’exhaustivité des états financiers, notamment sur la base d’un contrôle des opérations comptables au regard de la réglementation sur la comptabilité publique.
La Cour des comptes contrôle également les comptes établis par les comptables publics, c'est-à-dire les agents du pouvoir exécutif chargés de la perception et/ou du paiement de deniers publics. Dans le cas où le compte d’un comptable présente un déficit, la Cour des comptes peut être amenée à exercer sa mission juridictionnelle.
Contrôle de légalité et de régularité
La Cour des comptes contrôle la légalité et la régularité des recettes et des dépenses publiques. Elle vérifie leur conformité à la loi budgétaire (crédits suffisants au budget, exactitude des imputations, etc.) et elle s'assure de l'application correcte des règles de droit dont relève l'opération contrôlée (en particulier les normes applicables en matière de marchés publics, d'octroi et d'emploi des subsides, de recrutement du personnel, etc.).
Contrôle du bon emploi des deniers publics
Par le contrôle du bon emploi des deniers publics, la Cour des comptes vérifie plus particulièrement si la mise en œuvre des politiques publiques (santé, justice, emploi, fiscalité, enseignement, agriculture, tourisme, etc.) satisfait aux principes de la bonne gestion selon les critères d’économie, d’efficacité et d’efficience.
- Le contrôle de l'économie consiste à vérifier si les ressources financières, humaines et matérielles mises en œuvre sont, tant d'un point de vue qualitatif que quantitatif, acquises aux moments opportuns et au meilleur coût.
- L'examen de l'efficacité donne la mesure dans laquelle les objectifs et les finalités assignés sont atteints.
- L'examen de l'efficience mesure le rapport entre les moyens mis en œuvre et les résultats obtenus. En d'autres termes, il vise à s'assurer que les ressources financières, humaines et matérielles sont utilisées de manière optimale.
Mission d'information
Afin de pouvoir accorder en connaissance de cause les crédits demandés par l’exécutif et d'être en mesure de juger de l'emploi qui en a été fait, le législateur doit être en possession d'une information adéquate et impartiale. À cet effet, la Cour des comptes communique aux parlements et aux conseils provinciaux le résultat de ses contrôles, par le biais des cahiers annuels et de rapports spéciaux.
Les cahiers et rapports de la Cour des comptes font l'objet de débats en commission des assemblées concernées et en présence de représentants de la Cour des comptes.
La Cour des comptes communique en priorité ses cahiers et rapports aux assemblées. Ils font également l’objet d’un communiqué de presse et sont ensuite intégralement mis en ligne et accessibles sur son site internet.
Mission juridictionnelle
Dans l’exercice de sa mission juridictionnelle, la Cour des comptes juge la responsabilité du comptable public lorsqu’un déficit a été constaté dans sa gestion.
Dans ce cas, le ministre compétent doit le citer devant la Cour des comptes. Il ne peut s'abstenir de le citer que s'il estime que le comptable peut se prévaloir de la force majeure ou si le débet n'excède pas un montant de 1.250 euros fixé par arrêté royal.
À l'issue d'une procédure contradictoire et publique, la Cour des comptes prononce la décharge du comptable si elle conclut à l'absence de débet. Dans le cas contraire et si la Cour des comptes juge que le comptable a commis une faute ou une négligence graves, ou bien une faute légère à caractère répétitif, ayant facilité ou permis la survenance du débet, elle condamne celui-ci à solder son débet. Elle peut néanmoins, au vu de toutes les circonstances de l'espèce et notamment de l'importance des manquements du comptable à ses obligations, ne le condamner qu'à rembourser une partie du débet. Enfin, si la Cour des comptes juge que le comptable n’a pas commis une des fautes précitées en lien avec le débet, elle prononce également la décharge de celui-ci.
Les arrêts peuvent faire l’objet d’un recours auprès de la Cour de cassation. Si l'arrêt de la Cour des comptes est cassé, l'affaire est jugée par une commission ad hoc formée au sein du parlement concerné.
Missions spécifiques
Dans le prolongement de la réforme institutionnelle de 1989, la Cour des comptes s’est vu confier une série de missions spécifiques en matière de répartition des moyens financiers entre les entités fédérées. Ainsi, elle contrôle le comptage des élèves effectué par les Communautés française et flamande pour la répartition de la partie attribuée du produit de la TVA entre ces communautés. En vue d’éviter la concurrence fiscale entre les régions, la Cour des comptes est également chargée d’une mission d’avis et d’information concernant l’exercice de l’autonomie fiscale régionale en matière d’impôt des personnes physiques.
La Cour des comptes a, en outre, été chargée de plusieurs missions qui s’inscrivent dans le cadre de la bonne gouvernance. En matière de limitation et du contrôle des dépenses électorales, la Cour des comptes remet aux parlements concernés un avis sur l’exactitude et l’exhaustivité des rapports relatifs aux dépenses engagées par les candidats et les partis politiques. En matière de financement des partis politiques, elle remet un tel avis au parlement fédéral sur les comptes annuels des partis politiques. La Cour des comptes s’acquitte également d'une série de tâches de contrôle, d'archivage et de publication pour les listes de mandats et les déclarations de patrimoine que certaines catégories de mandataires publics et de hauts fonctionnaires doivent déposer à son greffe.
La Cour des comptes contrôle les comptes de certaines institutions bénéficiant d’une dotation. À partir de 2024, elle contrôle également ceux de la Chambre des représentants, du Sénat ainsi que des parlements de la Région wallonne et de la Communauté française. La Cour contrôlait déjà les comptes du Parlement flamand, du Parlement de la Région de Bruxelles-Capitale et du Parlement de la Communauté germanophone.
La Chambre des représentants peut également demander à la Cour des comptes d’émettre un avis sur l’incidence budgétaire et financière de propositions de loi.